Cafu trải qua tuổi thơ ở Jardim Irene, Sau Paulo trong một gia đình có sáu con. Anh là một học sinh chỉ co sức học trung bình và sớm bị bóng đá cuốn hút khỏi mái trường. Vào năm 7 tuổi, anh đã chứng tỏ tài năng ở một lớp đào tạo, và sớm được mang đến huấn luyện tại Nacional, Portuguesa, Itaquaquecetuba AC. Anh có chơi bóng đá trong nhà khoảng hai năm.

Vào giai đoạn đầu của thập niên 1980, anh không thể bước chân qua những khung cửa mình chọn, mà đã bị loại khỏi các đội tuyển trẻ của Corinthians, Palmeiras, Santos, Atlético Mineiro, và cả Portuguesa. Mãi cho đến năm 1988, anh mới được đưa vào tuyển trẻ của một câu lạc bộ tỉnh nhà: São Paulo FC, và cùng họ đoạt Copa São Paulo. Song cả mùa giải sau, anh chỉ được làm ấm ghế dự bị trong khi São Paulo đoạt Campeonato Paulista (1989).